Onsdagen den 18 september 2013.- Forskare vid University of California, San Diego, i USA, föreslår en ny metod som kallas nätverksbaserad stratifiering (NBS) för att identifiera cancerundertyper genom hur mutationer påverkar nätverk eller genetiska system som delas i stället för av de unika mutationerna för varje patient, som publicerades i söndagens avancerade digitala utgåva av 'Nature Methods'.
Cancertumörer delar nästan aldrig samma exakta genetiska mutationer, ett faktum som har förvirrat vetenskapliga ansträngningar för att klassificera cancertyper bättre och utveckla mer specifika och effektiva behandlingar.
"Subtyping är det mest grundläggande steget mot målet om personlig medicin, " säger ledningsforskaren Trey Ideker, chef för avdelningen för genetik vid University of California School of Medicine, San Diego, och en professor i avdelningarna i Medicin och bioingenjör inom samma universitetscentrum.
"Baserat på patientdata placeras patienter i undertyper med tillhörande behandlingar. Till exempel är en cancerundertyp känd för att reagera bra på medicin A, men inte på läkemedel B. Utan subtyper har varje patient samma aspekt, per definition, och vi vet inte hur vi ska hantera annorlunda, ”förklarade han.
De senaste framstegen inom kunskap och teknik har gjort det lättare (och billigare) att sekvensera enskilda genom, särskilt i behandlingen av cancer, som i grunden är en sjukdom i generna.
Men generna är "oerhört heterogena", sade Ideker. De muterade generna, påverkade av andra faktorer, orsakar sjukdomar som cancer, en patologi som är genetiskt unik hos varje patient, ett faktum som kan påverka effektiviteten och resultaten av klinisk behandling.
"När vi tittar på patientdata på gennivå ser alla annorlunda ut, " sade Ideker. "Men om du tittar på nätverk och de biologiska system som påverkas verkar de vara kluster. Det finns inga muterade gener på samma plats, men mutationerna förekommer på samma genetiska vägar, " sade denna expert.
Specifikt observerade forskarna somatiska mutationer, närvarande i tumörer, men inte i friska vävnader, i data från patienter med lung-, livmoder- och äggstockscancer sammanställda av Cancer Genome Atlas, ett fortsatt program från National Institute of Amerikansk hälsa för att samla in och katalogisera genomerna av tusentals cancerpatienter.
Ideker sade att NBS-metoden har omedelbar klinisk användbarhet. Genomsekvensering av cancerpatienter blir snabbt en standarddel i diagnosen, så enligt denna forskare kan läkare använda NBS för att bättre anpassa en behandling med cancerundertypen, och beroende på resultaten av behandlingen, Ta tillbaka resultaten till databasen för att förfina och förbättra cancerterapier så att de är så personliga som möjligt för individerna själva.
Källa:
Taggar:
Sexualitet Kolla Upp Familj
Cancertumörer delar nästan aldrig samma exakta genetiska mutationer, ett faktum som har förvirrat vetenskapliga ansträngningar för att klassificera cancertyper bättre och utveckla mer specifika och effektiva behandlingar.
"Subtyping är det mest grundläggande steget mot målet om personlig medicin, " säger ledningsforskaren Trey Ideker, chef för avdelningen för genetik vid University of California School of Medicine, San Diego, och en professor i avdelningarna i Medicin och bioingenjör inom samma universitetscentrum.
"Baserat på patientdata placeras patienter i undertyper med tillhörande behandlingar. Till exempel är en cancerundertyp känd för att reagera bra på medicin A, men inte på läkemedel B. Utan subtyper har varje patient samma aspekt, per definition, och vi vet inte hur vi ska hantera annorlunda, ”förklarade han.
De senaste framstegen inom kunskap och teknik har gjort det lättare (och billigare) att sekvensera enskilda genom, särskilt i behandlingen av cancer, som i grunden är en sjukdom i generna.
Men generna är "oerhört heterogena", sade Ideker. De muterade generna, påverkade av andra faktorer, orsakar sjukdomar som cancer, en patologi som är genetiskt unik hos varje patient, ett faktum som kan påverka effektiviteten och resultaten av klinisk behandling.
"När vi tittar på patientdata på gennivå ser alla annorlunda ut, " sade Ideker. "Men om du tittar på nätverk och de biologiska system som påverkas verkar de vara kluster. Det finns inga muterade gener på samma plats, men mutationerna förekommer på samma genetiska vägar, " sade denna expert.
Specifikt observerade forskarna somatiska mutationer, närvarande i tumörer, men inte i friska vävnader, i data från patienter med lung-, livmoder- och äggstockscancer sammanställda av Cancer Genome Atlas, ett fortsatt program från National Institute of Amerikansk hälsa för att samla in och katalogisera genomerna av tusentals cancerpatienter.
Ideker sade att NBS-metoden har omedelbar klinisk användbarhet. Genomsekvensering av cancerpatienter blir snabbt en standarddel i diagnosen, så enligt denna forskare kan läkare använda NBS för att bättre anpassa en behandling med cancerundertypen, och beroende på resultaten av behandlingen, Ta tillbaka resultaten till databasen för att förfina och förbättra cancerterapier så att de är så personliga som möjligt för individerna själva.
Källa:
